以提升地区生态环境质量、改善人居环境为目标，依托“污染控制与资源化研究国家重点实验室”和“城市污染控制国家工程研究中心”2 个 国家级平台以及同济大学土壤研究中心共同建立“伊尔庚土壤及地下水环境风险管控与修复中心”，以“废弃物循环利用-污染防控-生态环境修复”为主线，整合优势资源，充分利用产学研结合方式，展开持续科技攻关，通过科学研究和推广服务，集聚一支高水平技术研究与推广团队。形成一个低碳、高效、低成本、易推广的生态环境技术体系，培养一批基层生态环境技术推广人才，为切实推进区域产业转型升级及地区生态环境发展提供持久的技术和人才支撑。研究院融合多学科资源，拥有一支优势互补、结构合理、学术影响力强的研究队伍。

生态环境研究院围绕“国家生态环境安全与可持续发展”战略定位，充分发挥各个学科优势，围绕国家环境保护与生态建设的重大科技需求和国际生态环境科学前沿，不断突破支撑国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论与关键技术，为我国生态文明建设、环境治理与生态保护、实现人与自然的和谐发展做出基础性、战略性、前瞻性创新贡献，努力成为我国生态环境科学应用基础研究和技术创新基地、高级专门人才培养基地，国内领先、国际一流的生态环境综合性研究机构。力争在环境污染的健康效应与危害机制、饮用水复合污染机理、过程与控制、生态系统服务形成机理和生态效益评估等三个领域取得重大突破；重点培养新型污染物的识别及毒性效应、京津冀环境多介质复合污染协同削减与调控、城市化的生态环境效应与生态管理、大气污染成因与关键污染物控制技术、环境纳米材料与污染控制、污染物定向生物转化、固体废弃物资源化利用技术等方向。